视角回到小智这边，击败奥琳，击败魁奇思，他更是以波导了解了这座第零区研究所发生的一切。
曾经的第零区研究所内有着一众研究人员，还有着奥琳以及弗图两位家喻户晓的帕底亚博士。
研究第零区生态、研究悖论精灵、研究钛晶。
一切似乎都趋于正常的情况发展，直到他们接受了一家公司的投资。
西尔弗公司的介入让两人的研究方向更侧重于对于时空的研究，用以捕获悖论精灵，一来二去两人对于钛晶更深层的探究也就放下了。
他们发现了时空的多种可能，通过给予曾经小小的改变从而诱发未来的不同种结果。
经过股东的尝试以及投入，渐渐的他们能促成一些历史上野心勃勃的人达成某种目的从而来到此处时空。
时空这种东西越是深入研究便越能让人深入泥沼，等到失控的时候已然无法挽回。
在奥琳与弗图两位博士深入研究的时候是第一次。
而第二次，便是在小智与奥琳AI再次尝试关闭时光机的时候，时光机带动了整个钛晶房间的能量超负荷运转。
小智并不清楚发生了什么，只觉得闪过一阵白芒，眼前景色顿时发生翻天覆地的改变。
“这里是？”
人来人往的街道，小智揉了揉眼睛，再次观看眼前却是别种景象。
冰封的城市，安静中且透露着宁静，小智四下打量却是发现这里的建筑风格有些熟悉。
“合众？”
小智曾来过此地，大厦林立，小智在一处地界看到了飞云市的地标。
在小智印象中这是合众最为繁华的城市，却不想到来时候已然千里冰封。
此一幕让小智蹙起眉头，先不论远隔万里自己被时光机传到了这偏隅城市，就眼前飞云市的冰封景象又是何人所为？
再一次的，小智目光打量，很快注意到了在自己身边绑紧的魁奇思，还有似乎已停止运作的奥琳。
奈克洛兹玛和裂空座已被小智收入球中，故勒顿与皮卡丘更是四下张望，对于眼前发生事物更是懵懵懂懂，却是被绑紧的魁奇思注意到情况已然放声大笑。
“哈哈哈，我回来了，我回来了，这里是飞云市，这里是合众，这里...是我的世界！”
“你的世界？”
小智眼神冰冷，听魁奇思所言，他的心中已有了明悟，时光机运作，难道自己这是被传送到了魁奇思原本所在时空？
既是如此，那......
小智心中有着担忧不禁将手机洛托姆那处，眼看着通讯录一则则的熟悉联系人小智一一连线确认起来。
首先是一起与自己去往帕底亚洞窟的小茂、奇树、派帕，再然后是自己的好友、最后又怀着忐忑打给了花子......
“该联系人不存在洛托。”
随着手机洛托姆传来一道道冰冷声音，小智洛托姆中所有联系人均并不存在。
“哈哈哈，这里有我的等离子军团，有我的一切，而你，什么都没有！哈哈哈，看到没，港口那里便是我们等离子军团的飞船，等我......”
“轰~！”
下一刻，并未等魁奇思有所张狂，港口处一艘看起来就极具科技感的飞船瞬间产生剧烈爆炸。
魁奇思瞪大眼睛，与此同时，整个飞云市内，一处处等离子军团的据点正不断被击溃，瓦解。
红蓝的光芒闪烁，警车警船鸣笛，在飞云市港口以及外围，整个合众的警力不断向着飞云市内等离子军团的主力靠拢。
而在这些警察之内还有着不少小智熟悉面孔。
穿着公主礼裙的黑皮爱丽丝，指挥乘着烈咬陆鲨飒飒